Seine erste Tochter Agathe wurde ein Jahr nach der Eheschließung im Jahre 1904 geboren. Es folgte Tochter Gret im Jahre 1906. 1908 kam mit Franz der einzige Sohn von Carl Gustav Jung zur Welt. 1910 und 1914 folgten mit Marianne und Helene noch zwei weitere Töchter.
Emma Jung war nicht nur Ehefrau und Mutter, sondern entwickelte auch eine eigene professionelle Karriere in der Psychoanalyse. Sie interessierte sich insbesondere für die Anima- und Animus-Konzepte ihres Mannes und schrieb selbst auf dem Gebiet der Tiefenpsychologie. Ihre eigene Arbeit als Analytikerin war dabei von großer Bedeutung und sie hatte auch einen bedeutenden Einfluss auf die Entwicklung der Analytischen Psychologie.
Jungs Tochter Marianne wurde später eine bekannte Historikerin und heiratete den Physiker Franz Weil. Helene, eine weitere Tochter, wurde Psychoanalytikerin und führte die Arbeit ihres Vaters in der nächsten Generation fort.
Carl Gustasv Jungs Ehefrau Emma starb am 27. November 1955 in Zürich.